与此同时，河南前线讨伐朱长清的战役也在进行，刘綎的部队从后面压上来，总兵朱宏道的两万人马也围了过来，最可气的是，看到朱长清顶不住了，各地官员和乡绅不知从哪里弄来很多地痞流氓，组织所谓的团练足有十几万人前来助战，兵器五花八门甚至还有用镰刀大棍的，纯粹是来抢功的。气的熊廷弼直骂：当初你们死到哪里去了？！
于是，总共二十几万人将对方不足八万围了个水泄不通，熊廷弼在准备充分之后发起了总攻，一举全歼叛军，活捉朱长清。
凯旋大军走了二十天才回到北京，举行了盛大的献俘仪式。
网虫高坐于午门城楼，只见上百辆巨大的囚车将朱长清及其随从押入午门广场，这里不久前刚刚进行一场大血战，地面刚刚平复，但似乎还是能闻道浓浓的人血味。
礼部尚书赵焕出面，慷慨激昂地大声宣布朱长青一伙的罪行，真是掷地有声，足以振聋发馈！
朱长清睁开自己疲惫的双眼，自言自语地笑道：“该结束了吧，皇上，该送我们上路了。孩子，爱妃，本王马上就要与你们团聚了……”
网虫按照事先排练好的内容大喊一声：“拿去！”
几千名护卫齐声大喊：“拿去！”
然后是上万名士兵同时高喊：“拿去！”
刑部人员立刻上前，将囚车中的人拉出来绑上“磔刑柱”，除了已经麻木的朱常青，其他人都吓得大小便失禁，唉，早知今日，何必当初呢！
刑部尚书姜应麟高声喊道：“赵王朱常清兴兵造反，残害生灵，致使十万余人死于战乱，罪不容赦，兹奉旨判处磔刑，实刀：一千四百三十七刀！（谁知道他们是如何算出来的，不过显然比起武宗朝时的刘瑾受的三千四百多刀要温柔多了）其同党各处五百刀同刑！行刑！”
手捧一百多种道具的助手立正站好，十几个家传的刽子手开始行刑！
网虫无意看这种血腥的场面，他转身起来回宫，巨大的动乱过后，是政治局面的高度统一，再也没有令人寝食难安的谋反大军，新政可以进入第二阶段了。
在接下来的两个月里，朝廷首先将宫中的大量黄金和白银制品进行熔化（其中当然有一些是珍贵的工艺品，可是没有办法，振兴国家要紧），共得到或折算白银六百多万两。
接着，又将南京宫殿中的各种奇珍异宝进行拍卖，各地的富商甚至各附近国家的商人乃至一些远来的欧洲人阿拉伯人都踊跃地参加拍卖，共拍卖珍宝六千件，获白银三千七百万两，把户部尚书刘宗周乐得心花怒放，因为他成为大明朝成立以来最有钱的户部尚书。
反对的声音也不少，但都被网虫用铁腕手段进行镇压，因此也没有形成什么大的风浪。
各大王府日夜兼程的修建完毕，朝廷的各路使臣软硬兼施，阴谋阳谋全上，各地王爷被迫含泪告别祖祖辈辈居住的王府，全家迁往北京，去迎接他们未知的命运，一路上，他们也许会感慨自己生于帝王之家的“悲惨命运”，说不定，甚至会羡慕路边讨饭的乞丐，甚至是妓院里卖笑的歌女，哎！
他们心里十分愤怒，可是嘴上却一声也不敢吭，因为现在的皇上真像他们共同的祖先洪武皇上，杀人不眨眼，他连自己的亲弟弟都杀了，还有谁不敢动？
网虫得到了大笔资金之后，下令全部取消全国农赋三年，以休养生息，各地百姓立时欢呼雀跃（他们才不管你杀了多少皇亲国戚，甚至他们还会欢呼，因为这些王孙公子们对百姓的盘剥的确是太缺德了），万历圣君的名号算是打响了。
网虫是个贪财的人（这一点还真是与万历相同），紧接着下令公开拍卖各地王府，允许市农工商各等级的人居住（实际上就是让各地的富商收购），允许自主经营。
一令即出，各地商人疯抢，大家的目的并不是买来居住，而是进行商业开发，我们太小看古人的经商智慧了。
出售王府进行了将近三个月，终于全部售出，朝廷收获了两千二
百万两白银。
收获了大量银子之后，网虫做了一个令人吃惊的决定：修路，政府出资三千万两白银，沿华北大平原绕过几处高山地区一直向南至中原地区，雇用二十万夫役，修了可供六辆马车并行的一条大型马路，谓之御路。网虫的一番解释更是让群臣惊讶：要想富，先修路。
等到公路建成之后，众人才恍然大悟，因为日夜不停在马路上奔驰的商人车辆马匹乃至旅客，已经告诉了他们答案。
比如过去从安徽贩茶至北京要用三个月时间，而且有的地方要用人肩挑身扛，运费惊人，可是现在竟然只用一个月即可到达，而且大路平坦运费自然低廉，贩茶商人有利可图，经商兴趣大增，同时各地马车业.保镖业等等都跟着兴盛起来。
其他行业也大同小异.如此一来，商业发达起来，国家的税收也跟着水涨船高。
与修路同时进行的另一件大事是：造船。网虫命工部与外国传教士合作，制造出大船二十艘，满载名贵丝绸瓷器茶叶中药布匹等中国****货物出海驶向南洋各岛国。
当时南洋各地已经陆续被西班牙葡萄牙荷兰等国侵占，各国殖民者见到中国大量商品送上门来，省去了自己长途跋涉之苦,便纷纷高价收购。
他们也知道中国的实力,对中国船队不得不以礼相待，为了获得巨大的利润，他们甚至出动舰队为中国商船队护航。
中国船队卖出丝绸瓷器等货物之后大量收购当地的玉米红薯等作物的种子（当然是向殖民当局大量行贿之后才获批准，船队成员其实并不明白皇上严令他们不惜一切代价购买这些种子的用意）,返航之后算账,竟然净赚二百万两白银。这一次航行起了巨大的榜样力量，各地商人纷纷上书要求朝廷允许自由出海贸易。
网虫随即下令全国商人可以自造或购买船只,自由进行远洋贸易,但必须缴百分之二十的关税。除了一些顽固的儒家学者和官员外，沿海地区无不传诵皇帝的英明睿智。
巨大利益驱使沿海各省商人纷纷集资买船造船,纷纷扬帆出海,赚得外国银元返航,但是十艘船中总是会有三艘回不来,有时甚至有全船队死于海难的事情发生.
在沿海各个港口,每到归航之日,恭喜发财的笑声和痛失亲人的哭声同时爆发,令人不禁感慨金钱的魔力.
各地的读书人也大批下海经商,江浙一带居然出现了不少"举人船队"甚至"进士船队",船主不少竟是有功名的人,于是各地的老先生们纷纷大声疾呼,要求制止如此疯狂的淘金热.说是长此以往,我堂堂天朝岂不成为商人小贩之国.
网虫心里却是一片喜悦,老子要的就是商人之国.商业之国呀,这就是古代的资本主义呀,老子搞起来容易吗!
（作者插话：可能又有人自作聪明的评论说－－－哪有这么容易的事情，资本主义说发展就发展起来啊？！但是大家仔细回想一下，香港台湾韩国乃至日本在战后资本主义经济的突飞猛进，就能够理解在巨大利益驱动之下，资本主义经济会发生的变态般的迅猛增长。关于这个观点，马克思《资本论》当中有类似的描述。）
在丰厚的财政收入到手之后,网虫果断的下令:各级官员薪俸再加一倍!此时明朝官员的工资水平,才勉强达到宋朝的水平,广大官员对这个抠门皇帝真是刮目相看，拿到皇帝的红包之后，对海外贸易的抵制也就轻了许多。
网虫命令广东云南浙江福建等地,分别选出十个县种植玉米红薯,由国家发放每户农民白银二十两作为报酬,同时规定,将来所获物产归农民所有,农民见到生活有了保障,才将信将疑的将这些自己根本见都没见过的东西种在了田里.
网虫在徐光启伤好之后,用重金从全国各地搜罗了二百多名能人异士,有数学高手,有兵器高手,甚至连关押在监牢里的一些江湖极高明的惯偷都特赦弄来了,由徐光启领导进行重大科研项目:火药武器的研究,从此,北京城郊的居民常常白天黑夜的听到震耳欲聋的或者尖锐刺耳的各式各样的火药爆炸声,没完没了,不少居民因此搬家.好在这是皇上亲自主抓的项目,各级官府没有敢管的.
徐光启的产品一次又一次被网虫否定,他头上的白发开始冒出,手下的人竟有突然猝死的,网虫于是又为徐光启增加了二百名的科研力量,终于在一个老外的帮助下,拿出了第一件让皇帝满意的产品－－－－－－－火枪.
（作者插话：我们不能不承认当时中国在火药武器方面确实远远落后于欧洲，不能把明朝某些方面在世界上的领先地位误认为中国全面领先世界，事实上，中国人在思想方面开始慢慢落后开始与宋朝万恶的程朱理学，中国在科学技术方面大规模落后开始于粗野无知的笑贫不笑娼的元朝，所以到了明朝，尤其是明朝后期，欧洲国家已经进行了波澜壮阔的文艺复兴宗教改革和开辟新航路运动，咱们怎么能不落后？！承认落后，是大明兴盛的第一步！）