“伊宁事变”的经过也许并不复杂，但“伊宁事变”的起因不简单，“伊宁事变”的领导成分更是复杂。可以说，在三区领导人中，既有青年进步知识分子，也有民族主义者和宗教首领，亦有地主、牧主等旧势力，他们目的不同，主张迥异，正所谓大浪之下，泥沙俱走。
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但是，随着事态的发展，后期的领导成分发生了很多积极的变化，革命派开始上据主导地位，故这方面不可一概而论。
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张治中主持新疆问题的和平谈判，共分两个阶段。
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第一阶段从1945年10月14日至1946年1月2日，成果是签订了一个《中央政府代表与新疆暴动区域人民代表之间以和平方式解决武装冲突之条款》的文件；
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第二阶段从1946年4月4日至6月6日，成果是签订了一个《关于事变区域内之参加部队重新改编问题》的文件。
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然而，和谈尚未开始，便出人现了重大波折。当时，三区代表被安排在迪化三角地招待所。
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张治中接到报告，说是三区代表的上衣和帽子上都佩戴了“东土耳其斯坦人民共和国”徽章，并扬言：他们是东土士其斯坦人民共和国的全权代表，来此是要和中国政府代表进行谈判。
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这使张治中大感意外，当即指示设法取来三区代表的证件，果如所说，这是绝对不能容忍的，也是不可以讨价还价的。
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张将军当即约请苏联驻迪化代总领事叶谢也夫谈话，说明苏联彼得罗夫大使给中国政府的备忘录，只说是新疆暴动人民代表请苏方出面调停，并声言没有脱离中国的意图，因此我只能以中央政府代表的资格接见“伊宁事变”代表，不能接见所谓东土耳其斯坦共和国的代表，请苏联领事把我的意思转告伊宁三方面。
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结果，经苏联领事劝告，三区代表遂不再坚持自己的要求。10月17日，在新疆省政府西大楼，双方谈判代表第一次见面，是为和谈的开始。
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这是一场马拉松式的谈判，据张治中的机要秘书余湛邦先生说：除三区代表两次回去请示外，在迪化期间，几乎每一两天就谈一次。每次少则三四小时，长则五六小时，张治中固然是劳神敝体，舌燥唇干，我们参加的人也实在感到精疲力竭，难于支持。
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不过，对于张将军来说，这一次的和谈，固然十分艰难、辛苦，但由于握有一张“新疆问题你可以全权处理”的底牌，比较于以前参加国共谈判时，那种既不能多说一句话，亦不敢多写一个字的尴尬处境来说，真可谓换了一个人。
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在整个谈判中，张治中不但胸有韬略，应付有方；而且说话牛气十足，该拍板时就拍板，从而加速了谈判的进程。
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张治中真是一个天才的谈判专家。对于新疆问题，张很早就判断：谈判的基础，就在于能不能改善谈判的气氛，使双方之间建立一种信任感。
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因此，谈判伊始，张将军既没有摆出一副居高临下的姿态，也没有“钦命全权大臣”的高傲派头，企图以势压人；更没有从封建道统观念出发，对“伊宁事变”及三区代表加偿还“暴乱”、“反叛”等带刺激性的字眼，而是大讲“兄弟”与“家庭”这两个主题，亦即所谓：“我们各民族都是亲爱的兄弟，由这些弟兄构成了中华民国这个大家庭。
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说到“弟兄”之间，当然免不了会磕磕碰碰，吵吵闹闹，甚至会出现骂骂打打的场面，但最终“不会损伤弟兄的和气和破坏家庭的团结”。
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张并声称：“本人这次代表中央政府到这里来，为的就是恢复弟兄间的和气与家庭意的团结”。
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这是一个基调，也是一个原则。既然是弟兄关系，又都生活在一个大家庭中，当然不存在主权问题，也不存在脱离中央政府领导的问题。在这个大原则下，一切的问题，都不妨进行讨论商洽。
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这是一个大度，也是一个宽容，更是给对方一个希望。果然，三区代表听了张将军的这番话，认为确是出自真诚，谈判的气氛开始变得和缓起来。三区代表对张将军的信任感，就是这样一步步地建立起来的。
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根据三区代表的要求，张治中提出了《中央对新疆局部事变的提示案》12条，对民族平等、政治民主、地方自治等问题，作出承诺。
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这是张的一个开价，当然是作了让步的。尤其是地方自治问题，当时，内地尚未实行，张率先在三区实施，不能不说是一个大胆的决断，也不能不说是一个最大的让步。
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10月20日，张治中将提示案交三区方面，三区代表未置可否，只表示要带回去研究，并于次日返回伊宁。
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11月13日，三区代表重返迪化，带来了《伊宁方面对中央提示案的意见及所提要求》。
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这是三区方面的一个还价，认为中央提示案未能满足三区方面的要求，“要求真正的高度自治权”；核心问题，一是选举各级行政官吏，一组织民族军队。
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双方的讨价还价，就这样你来我往地展开了。
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三区代表的策略是：谈判会就是诉苦会，也是控诉会，大讲三区各族人民受新疆当局压迫、剥削、歧视的惨酷情形，以此作为“还价”的依据，并作为不断“压价”的筹码。
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不过，张治中料到了这一点，未等三区代表说完，就开始自我批评，坦然声明：“在过去省府当局的许多措施，张治中在表示遗憾的基础上，并对历代统治者对待新疆的政策，进行了深刻检讨。
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张治中的这一着很灵光。所谓“一句话说得人笑，一句话说得人一跳”；又所谓“伸手不打笑脸人”，这都是中国人极和“恕道”精髓的证明。
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三区代表本来想好了种种激烈措词，准备对政府当局臭骂一通，不想张治中替他们把话说了，便多少有些气馁，失去了原先那种咄咄逼人的声势。
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本来，三区代表大都来自西北边陲，为人固剽悍猛烈，桀骜不驯；但毕竟是草原之子，质朴纯真，经张的这种真诚表态，结果，三区代表不但对张的坦荡真诚表示好感，还对张的代人受过表示同情；部分三区代表评价张这个人说话也还公正，从而对张有了一种值得信赖的感觉。
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双方的立场，就这样一步步地拉近；双方的分歧，就这样一步步地缩小，最后集中到两个问题上。
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关于行政官吏的选举问题，张治中只同意民选县长，不同意民选省长；但承诺可以在省府组成方面作重大让步。将省府委员由13人扩大为25人。主席、秘书长、民政厅长、财政厅长等10人由中央任命，副主席、教育厅长、建设厅长、卫生处长等15人由各区保荐。其中，三区可保荐6人，包括副主席、副秘书长、厅长、副厅长、处长（或副处长）、委员各1人。当时，新疆共有10个区，三区方面的保荐名额占4/10，显然是一个很大的让步，即苏联领事亦认为这一方案比原案“ 显示了极大的进步”。
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关于民族军队的组织问题，是新疆和谈的最大分歧所在，波折既多，用力亦最大。最初，张治中只同意以团为单位，将三区部队改编为保安部队；但三区方面坚持原案，绝不后退，认为非如此不足以获得可靠保障。
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三区方面甚至提出：为应付“伊宁事变”而新增的国民党军队应在签约后，于年内全部撤回内地。
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张认为“这是节外生枝，没有商量余地，即席坚决拒绝，要求他们全部撤回去。”后经苏联领事代为疏通，三区方面同意暂时搁置这些新增条件；
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张也同意允许组织民族军队，但必须参照国军编制，重新改编。其人数和驻地另行商定。至此，涉及民族军队的问题，虽然还拖着一个尾巴，但大的原则，总算确定下来了。
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经历了近80天的谈判，新疆问题的11项和平条款终于达成。1946年1月2日，正当岁序更新之际，在新疆省政府大楼举行了《中央政府代表与新疆暴动区域人民代表之间以来科方式解决武装冲突之条款》的签字仪式。
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中央政府方面，由张治中代表签字；新疆暴动区域人民方面，由阿合买提江等3人代表签字。
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“ 和平条款”另有两个附件。对正文中涉及新疆省政府组织办法的条款，通过附件（一）加以若干补充；对正文中涉及改编民族军队的问题，通过附件（二）加以具体规定。因时间关系，双方同意将附件（二）的内容留待第二阶段谈判解决。故签字时，只有附件（一），没有附件（二）。可是，后来为谈判附件（二），张治中不得不为此付出更大的代价，甚至差一点导致整个“和平条款”的夭折，这真是一个夜长梦多的教训。
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新疆问题能达成和平条款，从大在环境上说，是战后初期国内和平气氛占据上风的结果。从小环境上说，是张治中贯彻蒋的“安定新疆，安定西北，解中央西顾之忧” 的方针，“以最大的容忍精神，作尽可能的最大让步”的结果；也是三区方面受中苏及国共关系大格局的制约，不得不降低谈判要求，接受国民党政府“最大出价” 的结果。
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正是在这个大环境下，新疆和平条款签字的消息传出后，受到各方面的欢迎。
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《新疆日报》称赞：“全省的400万同胞，不分宗教，不分性别，谁不奔走欢呼？”
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张治中向国民党六届二中全会报告新疆问题的谈判经过，回忆“那一天的报告，不断博得全场鼓掌，报告完毕后更得到全场极其热烈的鼓掌”。
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对于新疆和平条款的签订，《新疆日报》明确肯定：“由于张氏诚挚开明态度之感动，与其负责及非常之忍耐心，使此一困难问题终于获得解决。”
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甚至在启动第二阶段的和谈时，三区代表声明非张治中不谈。可见，张的政治态度和谈判风格，对新疆问题的和平解决，关系至大。
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本来，按张治中的设想，新疆和平条款的签字，应在达成一揽子协议之后，以免将来另生波折。
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但双方会谈到12月25日左右，蒋经国在赴苏途中路过新疆，给张治中带来一个口信，说是他父亲的意思，马歇尔上将已经到了重庆，要他赶快回去，参加国共整军谈判。
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在伊方代表回伊宁之前，张治中同月20日又接见了他们，再和他们说了一番话。一方面分析新疆历史的演变，同时又检讨历代统治者对待新疆的政策。从历史演变分析看出过去惨痛教训的根源，指出以后不但绝对不容许历史重演，便新疆人民蒙受极大的痛苦，还应该采取种种合理措施，为新疆人民奠定千万年自由、和平、幸福的基础，使新疆人民享受到永远自由幸福的生活。
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张治中说：责任在你们的肩膀上，现在就请你们切实担负起来，检讨过去历代统治者对新疆的错误政策时，申明今后中央对新疆的态度，向他们提出保证，保证中央今后绝对不会采取和过去反动统治同样的错误政策，绝对不会再有什么征服、高压与歧视，一定要遵循着三民主义，为新疆人民谋幸福。
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张治中说完这番话之后，他们也有了相当诚恳的反应。他们说：他们在到迪化之前，由于有鉴于过去地方当局的凶暴态度，心里很惶恐，现在明白了中央的意旨之后，才明白不但和过去不一样，而且对新疆的政策正符合新疆人民的愿望，在说话中再三用“中华民国”和“中央政府”字眼，态度较上两次显然有所不同。最后他表示希望他们迅速回来，接受中央的提示案，使事件得以圆满解决。他们也表示愿尽最大的努力去说服伊宁政府和群众，采取和来方式解决。还说少则十天多则两周就会回到迪化来。
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12月30日张治中又接到蒋的特急电，说“此间有事待理，希即暂时回渝为要”，张治中才于1946年1月3日飞离迪化，沿途略有耽搁，6日回到重庆。
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在 1月3日上飞机之前，张治中和伊方三们代表切实地谈了一番话，大意是说：由于中国是苏、美、英、法的盟邦，由于抗日战争和世界反法西斯战争获得了伟大的胜利，中国已经成为世界五大强国之一；我们全国有4亿5仟万的人口，有五千多年的历史文化，有丰富的宝藏资源，在抗日胜利后快要开始伟大的建国工程，一定可以更快地迎头赶上美、英、苏各国，建成世界上统一、团结、民主、富强的中国，你们作为中国人民的一分子，是最光荣的，相信你们一定会站在中国人民的立场拥护祖国，这是时代给你们的责任。
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他们听了之后，诚恳地说：我们是中国人民，我们一定要拥护祖国，请张将军回去之后把我们的意思向中央报告，并向中央领导人致崇高的敬意。
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“我们是中国人民”这话第一次出于他们代表之口，这真不容易呀！他们的态度是诚恳的，他们的话语是真实的。张治中此时才真正体认到新疆问题是可以和平解决了。
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1946年1月6日张治中回到重庆，即把签字的正文和附文（一）送给蒋看，他看了表示同意，第二天还特别约了党政高级人员为张治中接风洗尘，席间再三对他表示慰劳之意。
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这时候，正是国共双方停战获得协议之后，两党的军队整编问题开始商谈，蒋介石要张治中代表国民党政府出席军事三人小组。
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当时共产党方面是周恩来先生，美国方面以顾问名义参加的是马歇尔。既是为了国内和平，张治中感到义不容辞，对这一任务，也是乐于接受的。
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在军事三人小组会商期间，国民党举行六届二中全会，要张治中就新疆问题作报告。他的报告首先把签订正文和附文（一）的商谈经过作了扼要的叙述，然后说明在商谈中所始终掌握的两个原则，就是：（一）坚持三民主义尤其扶助弱小民族的精神，（二）不损害国家统一和主权，指出这个文件就是在这两大原则之下签订的，目的是在求新疆问题的和平解决。最后说了一些个人的感想。
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同年三月初，张治中和周恩来先生、马歇尔将军，在整军方案签订之后，坐飞机视察各地双方军队。
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途经北平，接到外交部急电，说苏联驻华大使馆米参事在2月28日到该部声称，接到伊宁苏联领事报告，伊宁人民代表问张部长何时能来迪化，如最近期间不能来迪化，他们将认为谈判已陷破裂，所有业已签字的条款一概无效。
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从此电看，伊方是在发急了，但是当时国内和平问题尚未告一段落，张治中怎能又去新疆？可是踌躇再三，又不能不急其所急，终于4月4日飞到迪化。
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在飞迪化前，张治中已被任命为国民政府主席西北行辕主任兼理新疆省主席。
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这其中还有一个经过，就是在抗战胜利后张治中原定派往东北行辕，当时国共两党关系紧张，国内和平是中心关键，张治中想为国内和平尽一点力量，而东北可以兼顾全局，又是当时国共两党、中苏两国问题的一个症结所在，张治中愿意去的，连人选部署都作了初步考虑了，忽然因伊宁问题又改派他往西北，张治中就不能答应。
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但是他只愿充行辕主任不想兼理新疆省主席，并且还提出邵力子先生和蒋经国二人请蒋考虑选择。蒋未允，他最后不得不同意兼理。所以他这次到新疆，不仅是中央的代表，又是地方负责的军政长官。
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4月4日到迪化，5日即接见伊方代表。他们首先对张治中奉派兼理新疆省主席表示欢迎，并对中央表示感谢。
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然后商谈附文（二）军队改编问题，他们要求一份国军兵团和步兵团的编制，再提具体数字和材料，张治中答应了。
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谈到省府组织问题时，他们表示来迪化不知他已兼任省主席，预定名单需加改动，过几天才能提出来。
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最后又说，伊宁群众要求把上次暂时搁置的第十二、十三、十四条再提出来商谈，经过张治中恳切说明和郑重拒绝之后，他们才表示不愿为这三条而影响整个问题的解决，没有再坚持下去。
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由于他们所提的要求数字太大，距离太远，一时是谈不下去的，所以先作了好多次的侧面商谈，到13日张治中才再接见他们。
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他们说最多只能负责减少三个团，再多减群众就不答应了。13团减3团还有10个团。最后他们说了实话，如果在新国军和民族军数字对等的话，那即使减少到三个团以下也未尝不可。当时张治中认为这是有损国家主权的要求，张治中说他绝对不能考虑。
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张治中看这种情况问题会僵持下去，于是要找中间人出来疏通。同月15日张治中约苏联领事谈话，张治中表示最多只能给他们四个团。
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苏领表示四个团少些，希望能进一步，他愿意以折衷的数字劝他们接受。还说为中国政府着想，即使增加少数部队也没有多大关系，如果因此争持不下以致影响全盘问题，就未免可惜，张治中当时还是表面坚持四个团为最大限度，但内心已在考虑可否再予增加一两个团。
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几天内张治中多次派人从侧面和苏代总领事叶谢也夫谈话，叶领表示对方的要求决不能少于六个团。张治中心想：如准编六个团，也只能三团是国军，另三团是省保安队，而且要在一年之后裁减为国军两个团和三个保安大队，以符合政府所规定的数字。
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张治中把这意见告诉苏领，他表示同意，但须与伊方商量才能答复。苏领还说伊方一再要求把驻地扩张到三区以外，这是张治中不能考虑的。
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同月20日，张治中接见伊方代表，谈了几个小时无结果，21日他们说伊宁来电，叫他们的首席代表拉合木江回伊宁汇报。张治中同意了在拉合木江起飞之前又接见他们，并坚决表示改编为国军三团、保安三团是最大最后的让步，还要求他：（1）希望迅速回到迪化签字；（2）提出省委名单以便着手改组省府。
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拉合木江很快就从伊宁回来，同月26日张治中又接见了他们。他们仍然坚持十个团，并且把已经被打消的喀什、阿克苏组织民族部队问题也重新提了出来，表示一定要在南疆回教徒占多数的地区组织民族军队。至此张治中严词加以拒绝，说话时声音很大，显然是动了感情。
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当时三位代表中阿合买提江最年轻，约三十一、二岁，但他是历次会议中的发言人，是实际负责者。
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张治中对他说：我是快60岁的人了，和你的年龄几乎相差一倍，如再这样长期争论下去，很不适宜，我想建议中央另派年轻的人来和你谈吧。还说，我是负了和平使命来的，自信对和平已尽了最大的努力，负责到最大限度，如果和平不能获得，我只能引咎辞职，离开迪化了。
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张治中的语气相当重，他们一再表示，伊宁人民对张部长是充分信任的，但是人民的要求如果得不到相当的满足，问题也不容易解决。这样，问题就僵下来了，正面商谈已成为无此必要，只好从事侧面活动了。
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一直拖延到5月1日晚上，张治中约叶领事见面，叶说可以减为七个团，但迪化、喀什段各驻一团，并声言这是最后的办法，如果不能接受，他就无能为力了，不便再居调停人地位了。这样，局势有愈趋困难复杂的情势，是否则于受到其他问题的影响呢？
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在会谈的第二阶段，张治中已经以国民政府主席西北行辕主任兼理新疆省政府主席的职务了。
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从4月初到6月底这两个多月当中，他一方面和伊方代表进行紧张的商谈，屡次陷于僵持，另方面新疆省府虽然还没有实行改组，但是不能不先采取一些必需的措施，做一些重要的准备工作。
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为了建设新疆，必须有建设的精神基础，要使全体军政人员和全省人民知道新疆应该做些什么，怎样做法。他在迪化市“五五”纪念会上讲了一次话，题目是：《建立三民主义新新疆的精神基础》。主要内容是：首先做到和平、统一、民主、团结这四句话，其次一定要戒除贪污、赌博、鸦片这三件事。
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张治中讲到和平时说，当世界反侵略战争胜利之后，世界任何一个国家都需要和平，至于我们中国，更需要和平，更希望和平；新疆是中国的一个省份，当然更不必说，也一样需要和平，希望和平。
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讲到统一时说，就全国来说，一切统一于中央政府，就新疆来说，一切统一于省政府。因为统一，才能使意志集中，力量集中，才能促进一切建设和进步。
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讲到民主时说，我们在政治上一定要民主。我们所谓政治民主，就是一切让人民作主，一切以人民公意为标准，一切措施都要符合人民的公意。
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讲到团结时说，在全国来说，各民族团结实在太重要，在新疆来说，团结尤其重要；我们各民族意要互相尊重，互相亲善，互相帮助，大家相安相处，精诚团结。
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张治中特别强调：他是一个汉人，但是他从来没有存过半点民族优越感，他看到各族同胞，都和兄弟姊妹一样。他看到各族同胞，总觉得他（她）们个个又强健又俊秀，都令他欢喜，令他可爱，他说一定要把少数民族同胞当成兄弟姊妹看待。
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张治中详细分析了这四句话后，认为这就是建设新疆的精神基础或叫原则，凡是违背这四句话的事情就不能做不能说，凡是合乎这四句话的事情就一定尽可能去做宣传。大家有了这个共同的认识，就具备了建设的精神基础了。