其实站在个人角度，此时激流而退不失为明智之举，古人曰:应时而动，识时务者为骏杰。此时小皇帝已经初步长大即将大婚，希望亲政的想法日益迫切，不想大权旁落。在夺情与守制的问题上存在着激烈的斗争，张居正处在这个漩涡的中心，尽管万历对官员进行了残酷的镇压，但暗流汹涌，无论局势还是舆论对他都极为不利。当局者迷，一心想建功立业，报效朝廷的他，并没有听从众多官员的劝阻，执意要按照李太后的意思留在京城，继续他的改革事业，为他今后的悲剧命运埋下了火种。
张居正受到了很大的刺激，使他认识到了人间的冷暖，世道的艰辛，也让他看清了官场的黑暗，似明似暗的看到身边潜在的危险。于是在他回到内阁之初，就擅自开始了所谓的京察，在两京及官场开始了一场大清洗。唯一的标准就是夺情与守制，以在他的去留问题上的态度为蓝本。凡是反对夺情的均是裁撤罢官的对象，许多官员因为提倡恢复礼制，主张他回家守制都受到了不同程度的惩罚，处罚最轻的也是被罢官回家，而在这场斗争中凡是拥护夺情的，不论亲疏，均予以重用，就连当初与高拱有很深关系，被迫辞职的江南才子张佳赢，也被启用并从地方调入中央委以重任。
张居正彻底改变了对人生的态度，再也不像以前那样温文尔雅，换之一个骄横高傲的张居正，人们再也找不到以前的影子了。在皇权与政权的高压之下，官场上又恢复了平静，官员们禁如寒蝉，畏之如虎，在他面前唯唯诺诺，不敢大声说话，形同奴仆，正是这样一种情况，日后在他失意的时候，才遭到众人的诽谤和诋毁。
清丈土地将是一场艰苦卓绝的斗争，这项工作的开展将给农民带来极大的好处，他们是最大的受益者。但是这项工作的最大阻力来自大地主、大官僚，清丈土地将使他们的既得利益受到很大的损失，这是这场改革不太顺利的重要原因之一。虽然一条鞭法已经取得极大的成功，使国家财力得到极大的加强。清丈土地则是根本，是从根本上改变现状的办法。张居正已经感到上天给他的时间不多了，必须利用现有的时间，集中精力把这件事情做完，免得使改革半途夭折。他横下一条心，不惜以自己的生命健康为代价，要把这件事情做完，把身家性命都已抛在脑后，千秋功罪任由后人评说。
朝廷的官员已经换了多半，原来的户部尚书已经调任吏部尚书，从地方上调入的段正茂担任户部尚书，张居正把他找来商量在全国开展丈量土地的事情。段正茂与张居正的关系历史久远，特别是在最近的政治风波中，坚定地站在了张居正的一边，于是官运恒通，青云直上。对于张巨正的政治主张，段正茂是十分了解的，在无数的奏章中，朝会上张居正反复的阐述这一问题，已经耳熟能详了。