不知道过了多久，李林终于发泄完了，而第四使徒也从此消失，变成了一颗贤者之石，同样的它的灵魂也被李林吸收了，虽然现在还没有什么作用，但是李林相信只要将所有的十八个使徒的灵魂全部收集到，那么一定会有某种意想不到的作用。
“李……”
凌波丽将第四使徒给凌迟之后的李林从半空中落下，看样子好像有些疲惫，他落在零号机的手掌上一言不发，有些失神。看到李林失神的样子，凌波丽有些担心的。
“李？”
“李！”
不知道为什么，李林对凌波丽的呼喊完全没有回应，这让凌波丽慌了神。
“李，怎么了，你，没事吧？”
凌波丽关切的询问李林的情况，很担心他。然而李林依旧一点反应也没有，在这个时候，NERV的保全人员也渐渐反应过来，他们因为没有亲眼目睹李林狂虐第四使徒的模样，所以对李林没有那种近乎宗教般的狂热，因此他们依旧能够在利益的催动下将李林包围、关押。在这个过程中葛城美里等人也渐渐苏醒，但是除了凌波丽以为竟然没有人试图阻止他们的行动，其中CC是因为觉得无聊，葛城美里虽然打算出面单也被赤木侓子给阻止了。
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因为李林在面对第四使徒的时候所展现出来的能力，Seele组织的成员们都把李林与“第十八使徒李林”联系到了一起，在他们眼中李林就是一个人形的使徒，所以现在的李林被NERV关押在中央教条区的地下第36层，基本没有人可以见到他。
在李林被关押的期间，凌波丽曾经找到过葛城美里还有CC，希望和她们一起讨论如何将李林解救出来。但是CC却认为在NERV里根本没有人能限制住李林，而李林现在之所以会被关押应该有自己的理由，所以她选择对此视而不见。至于葛城美里，在纠结了几天之后她选择了屈服于Seele，所以对凌波丽的拜访视而不见。
而碇司令在回到NERV之后对李林所发生的是也很好奇，但是他似乎已经和李林达成了某种协议，所以他对李林的事情完全没有过问，甚至连最基本的审讯都没有过。
而这些无不揭露了NERV这个组织内部的某些黑暗的一面，但是这些都不是李林所关心的，因为现在的李林正在为了保证自己还是自己而与自己奋斗呢。
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“李……”
在关押李林的大牢之中，凌波丽由于她那特殊的情况而可以来看望李林，但是自从上次第四使徒的那件事情过后，李林就陷入了某种奇异的状态。现在的李林只是单纯的维持着作为一个人类的外形，他甚至连基本的能量摄入都没有，完全陷入了一种类似于沉睡的状态。
这一天，凌波丽再次来到关押李林的牢房外，看着李林双眼无神的样子，不知道为什么凌波丽感到胸口一痛。
“李，我，绝对会保护你的。”
摸着自己被防护服包裹住的胸口，凌波丽对自己突然出现的这种感觉感到惊异，因为这是从来没有过的感觉，即使是以前和碇源堂在一起的时候也没有过。
最后，在看了李林许久之后凌波丽又默默的离开了，然而在她离开之后从某个角落里出现了葛城美里的身影。
葛城美里远远的看着凌波丽离去的背影，突然笑了。
“我，这到底是在干什么啊？”
葛城美里笑的异常的凄惨，她背靠在墙上，缓缓的蹲在地上，将头埋在自己的双腿之间。
“没想到，我也会有要羡慕别的小女孩的一天，呵呵，呵呵呵呵……”
葛城美里的声音听起来有些低沉，也不知道是在自嘲还是在哭诉。
葛城美里的低潮期很短，她很快就恢复过来了。恢复过来的葛城美里微不可查的有手指抹了一下眼角然后就来到关押李林牢前。
“哟，好久不见。”
看着在地牢里被关押了数周的李林，笑了，虽然笑的很勉强，笑的很丑，但是在李林的面前葛城美里还是选择笑着面对他，这可能是由于女孩子内心的某种小坚持吧，在某些对自己很重要的男生面前就是在勉强也要笑着面对他，因为所有女生都觉得自己只有笑着的时候才是最美丽的。
“虽然你可能根本听不到我所说的，但是我还是想让你听一听。”
看着李林许久未刮而略显邋遢的面孔，葛城美里同样感到些许心痛。
“这样子对待你，真的很抱歉，但是，这也是没办法的啊，我们，我们人类……”
“呵呵，什么时候开始我也把你当成是非人类了啊，但是就算是这样我也希望你可以听听我接下来说的事情。”
葛城美里再次抹了一下眼角，继续说到。
“其实啊，在你被我们NERV关押的这几天又有使徒袭击了，就是第五使徒司雷之天使，呵呵，它就真的像雷天使一样，掌握着可以审判人类的天之雷霆。昨天初号机和零号机已经出战过一次了呢，但是啊，初号机竟然被它一击就秒杀了呢，在它的那种强大的雷火之下我们完全没有反抗的能力呢。但是啊，即使是这样我们也要战斗啊，虽然这个战斗更像是垂死挣扎罢了。“
“所以，如果，我是说如果你能够，或者说你愿意苏醒的话，请你帮帮我们，不，是求你救救我们，拜托了，李。“
说完后，葛城美里同样也离开了，只是在她离开之时，甚至是在他离开之后，李林都没有半点反应……
不久之后，初号机和零号机一起出战，数分钟后，“屋岛作战计划“宣布失败，从没有靠自己的力量战胜过使徒的碇真嗣在驾驶初号机的时候出现了巨大的失误，连续两次发射阳电子炮都射偏了，零号机沉默、初号机丧失战斗意志，第五使徒无人能挡，并再次向中央教条区突破……
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