皇帝召见完毕后，韩犷、刘鸿训、孙承宗、王永光，成基命、李标都对钱龙锡，王怍远敬佩不已，他俩可以说是重担再肩，朝廷今后对蒙古的政策可以说是掌握在他俩的手里了，然而钱龙锡，王怍远可是苦笑不已，差事半好了那还好说，办砸了，那就不好办了。
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因为有重臣在辽东抚慰蒙古，崇祯觉得这是笼络蒙古的一个良好的开端，现在朝廷是四处用兵，在四川，朝廷要平息土司叛乱，在西北，朝廷要镇压民变，在东北，后金可是虎视眈眈，所以平复蒙古就显得犹为重要。蒙古和朝廷有绵延千余里的边境线，出现一个忠于朝廷的蒙古，朝廷就可以减少一个受敌面，将更多的饿精力用于平定内部叛乱和休养生息上，攘外必先安内，还是有道理的。
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但是崇祯皇帝现在还有一件棘手的事情要做，那就事魏忠贤一案的后续处理工作。毕竟魏忠贤一案影响深远，而受魏忠贤陷害的都是东林干将，很受舆论的同情。虽然在即位之初就果断的处理了魏忠贤及其骨干，并为东林人员平反冤案，但是毕竟牵连广大，一纸圣旨是处理不了的。
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到现在为止，刑部和大理寺还没有审清魏忠贤一案，再别说平反冤案了，要不是皇上要人，方震儒、耿如杞等人还在牢里呆着呢。
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这里面有很多的客观原因，其一是魏忠贤干政时期，朝中的大员，即使不是魏忠贤的死党，多数也是长期站在东林对立面的“邪党”人物，还有一部分也是靠攻击东林而飞黄腾达的。魏忠贤倒台以后，这些势力并没有土崩瓦解，由于历史原因，他们还占据着一些比较重要的职位，而他们也决不甘心东林卷土重来，剥夺自己的既得利益。
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随着新内阁的成立，东林也悄悄的“还阳了”，一些东林干将，比如钱谦益，开始出任重要职位，一些倾向东林的大臣也被皇上委以重任，这时，东林开始对曾经攻击过自己的对手还击了。
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在这次的“大计”中，双方斗争达到了一个**，在平反冤案上，因为大理寺的不配合，刑部独木难支，再加上吏部的制肘，刑部尚书乔允升根本就没办法。东林方面也没显着，在去年，也就是崇祯元年的中期，一些御史也开始提出，要对魏忠贤及其党羽进行一次统一的定案处理，而且还要本着不放过一个“阉党”的原则，把他们集中集在一个大案处理。
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但是这个建议没有得到崇祯的赞同，而韩犷也是反对的，毕竟保持全局的稳定是最重要的，所以，一些东林官员借着“大计”开始铲除异己，这就使双方的矛盾开始变的白热化。双方不停的在彼此互相攻击，令崇祯厌恶的党争也开始变得激烈了。
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处理完家务事后，崇祯皇帝决定要将前朝的大是大非基本上清算清楚。
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第二天的朝会上，各位大臣对袁崇焕的奏章展开充分的讨论，一些大臣十分怀疑蒙古方面的诚意，加上还有一些大臣十分的嫉妒袁崇焕，是的，他们嫉妒他，因为在政治上，他被看作是倾向与东林的，而且皇上还非常的信任他。
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虽然有部分的大臣反对，因为皇上和内阁已经统一了意见，所以圣旨很快的就发出去了，随即皇上任命王怍远和钱龙锡为钦差大臣，赴辽东和蒙古方面会谈。
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第一件事情总算是处理好了，随后，崇祯皇帝开始大肆指责刑部和大理寺的官员，平凡冤案的工作在朝廷举行“大计”的时候几乎陷于停顿，一方面是因为朝廷的主要注意力都集中于清查吏治，无暇顾及为东林翻案；一方面是因为既得利益集团的阻挠。
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既然已经腾出手来，那崇祯皇帝是不介意利用东林的力量来清除朝中一些蛀虫的，一些重要的职位必须清出来，崇祯皇帝可以容忍一些阉党或所谓“邪党”份子，但前提是他们不能占据重要的职位，
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借着这个缘由，崇祯皇帝在朝会上果断的罢黜原大理寺寺卿，对于刑部尚书，因为乔允升原本就是东林的外围成员，再加上他本身没有什么错，所以训斥一番就结素了。谁来继任大理寺寺卿，崇祯当然偏向于东林人，毕竟东林素有清廉之名，大理寺和刑部是主管全国刑狱的机关，当然是选择有清名的东林担任比较的放心。
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东林也不会放过这个机会，皇帝要为自己正名，这些人可是巴不得啊。如果大理寺和刑部都是自己人，事情就会好办的多了，于是再朝中的东林人员举荐了孙慎行。
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崇祯皇帝也是很干脆的，当庭任命孙慎行为大理寺寺卿，交割完毕后，立即会通刑部尽快的处理完在天启时期的冤案。在狱中看押的惠世扬、李柱明等人，崇祯皇帝指示说，先把人放出来，有功有过，经过大理寺和刑部复审之后评定，再怎么说也不能老让人呆在监狱里啊。
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对于崇祯皇帝的表态，东林人士可是欢欣鼓舞，这证明皇上还是相信东林的，这些个东林名士开始磨拳搽掌，准备施行自己的满腔抱负。
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但是对于崇祯皇帝来说，并不想过于的重用东林，因为无论对于开海禁还是鼓励商贾等等的这些政策，以东林的政治观点来说，是不可能被接受的。深受程、朱理学毒害的他们，大部分只会空谈。论办实事，还真的不能光靠他们。
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虽然说崇祯皇帝一直要求朝廷的大臣们要“精诚团结”要“化异为同”，但是崇祯皇帝也是很明白的，在现阶段是根本不可能的，明朝的党争，可是有一段不短的历史了，皇帝不可能只用几条指示就化解党争，既然消灭不了党争，那就最好将党争限制在可以控制的范围内，利用党争来施行自己的政策，这才是上上之选。所以崇祯皇帝并没有将其他所谓的“邪党”赶尽杀绝，只是将其削弱，他们要想存活下去，就离不开皇帝的支持，而他们会尽力的办好皇上的差事，何乐而不为啊。
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出于东林的党私和偏直，东林可是一直想铲除其他的党派，凡是不认同他们政治主张的，他们一律视为“邪党”，他们不会容忍这样的“邪党”存在，所以在政治上东林最容易被群起而攻之，对于这样一个东林，崇祯不知是哭还是笑。
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经过了一个上午，朝会终于是结素了，孙慎行要到大理寺去和前任交割，刑部要等着和新任的大理寺寺卿处理案子，这两个部门今后可是有的忙了。
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日子还是要过的，对于被东林打压的那些大臣，也是很不甘心的，他们为夺回自己的权益，开始在一起密谋起来，而吏部尚书王永光开始琢磨起来，什么时候向崇祯皇帝请辞，作为吏部尚书，王永光在这次的“大计”中得罪的人太多了，尽早离开这是非之地是一个不错的主义。
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在隔天的平台召对上，吏部尚书王永光想崇祯皇帝提出年老体衰，想辞去吏部尚书和内阁大学士一职，回乡养老。
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对王永光的辞职，内阁其他的大臣有些蹊跷，王永光并不算太老，看上去还算精神奕奕，再说了，吏部尚书，多好的职位，百官之首，多少人想当都当不了，这王永光怎么说辞职就辞职了。
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崇祯皇帝表面上也是恳切的挽留王永光，但是暗地里想，这个王永光也是真开窍，时候到了，你王永光也该走了。
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虽然崇祯皇帝“恳切”的挽留，但是王永光执意辞职，无奈，王永光去意坚决，崇祯皇帝无奈之下，同意王永光的辞职请求，但是在没有合适的继任人选之前，王永光还不能去职，继续的在吏部和内阁工作。
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对于王永光的辞职，各方反应不一，非东林的人有的认为这是东林的一次清洗行动，他们要夺权了，他们想让东林一统天下，所以他们开始忧心匆匆，担心自己的职位不保，而王永光一脉的人马也是很不理解王永光的作为，他们也认为自己利益的代表是被东林排挤出内阁的，是东林逼王永光辞职的，所以这一派人马也开始对东林变的不满，这些人开始联合起来，准备着，在适当的时候，找东林的茬，然后使出致命的以及一击，打倒东林，然后他们来掌握朝政，恢复自己的既得利益。