10月20日，取得慕尼黑大胜的拿破伦命令军队向维也纳开进。现在的奥地利已经没剩下多少军队了，只有拱卫维也纳的五万皇家近卫军以及现在正在意大利和意大利总督欧仁•；博阿尔内作战约翰大公的22，000人和查理大公的80，000人。虽然他们已经取得了巨大的成功，占领了威尼斯等意大利北方重镇。欧仁的意大利方面军也是损失惨重。但由于拿破伦在德意志南部取得了决定性的胜利，超过二十五万的奥军被击毙或俘虏，所以仍然还控制着意大利多数地方的欧仁在奥地利大军的压迫下还是取得了很不错的成绩的。至少他的意大利方面军还有近五万的主力存在。
在得知奥军主力在巴伐利亚基本被全歼以后，约翰大公和查理大公连忙率军撤退，非常不甘心的离开了他们费尽千辛万苦才占领的土地，他们必须回去参加奥地利的生死存亡大战，如果奥地利没了，那么这些占领的土地还有什么用呢？于是在奥军撤退以后，欧仁的大军就随后收复了这些地方，并积极向北挺进，威胁奥地利的南部地区。
虽然法军取得了伟大的胜利，但目前的战况依旧不明朗。虽然奥军主力已经被消灭，但算上正迅速赶回的约翰大公和查理大公的军队，仍然还是能凑够十几万的，要吃掉的话也还是要费一番功夫的。并且还有一个对法军很坏的消息就是库图佐夫的38，000俄军现在已经到了维也纳20英里之外，在他的身后是整个俄国大军总计约226，000人。这是一个非常严峻的问题。
拿破伦最担心的就是俄军。他命令缪拉、苏尔特、达武、莫蒂埃和拉纳追踪库图佐夫和残余的奥军以防他们和沙皇亚历山大的军队会合。同时，如果沙皇军队和200，000人的普鲁士军会合，法军将受到俄普奥三军的围攻。而经过连场大战后的法军现在也只有25万人了，幸好第四军团和第九军团已经赶到战场，要不然拿破伦的兵力将更加的捉襟见肘。拿破伦冷静地判断了形势：即使普军会同俄军作战，调动庞大的军队也不是朝夕能成之事；也就是说，可以在俄军和奥军或普军会合之前先吃掉俄军。拿破伦准备将俄、奥、普三军一个一个吃掉，因此他当机立断，力求赶在普鲁士参战前占领维也纳，切断俄军退路——在查理大公率领奥军赶回奥地利之前，把这支俄军包围并消灭在多瑙河以南地区。
位于巴伐利亚的奥格斯堡现在成了法军的主要后方供给地，拿破伦命令贝尔蒂埃将慕尼黑变成战争指挥中心。还有一个很严重的问题困绕着拿破伦，那就是初冬的暴风雪和严寒已经降临，但是法国军人身上穿的仍然是8月从英吉利海峡转移时穿的衣服。由于后勤运输不足的原因，如果不能在寒冬来临之前击败敌军的话，那么法军就很可能输掉这场战争。
为了迅速占领维也纳，抢占奥地利的各种物资，10月22日拿破伦命令休整了两天的各军团迅速向维也纳推进，并且要求欧仁的意大利方面军进攻奥地利南部，尽可能的多牵制一些奥军，以减轻法军的压力。
俄军统帅库图佐夫的军团是离查理大公和维也纳最近的军团，出乎拿破伦的预料，在法军大举逼近维也纳的时候他却拒绝和他的奥军盟友一起保卫奥地利的首都维也纳。在法军还来不及展开行动之前，库图佐夫指挥俄军迅速撤离，在克雷姆斯渡过多瑙河，向北实行退却。俄军撤退时几乎炸掉了多瑙河上所有的桥梁，以阻止法军的追击。拿破伦命令缪拉、拉纳和达武军追击库图佐夫军。
俄军北撤之后，多瑙河南岸地区的奥军兵力更加单薄，法军因而得以长驱直入，几乎没有遇到什么抵抗。10月28日，达武重创俄军后卫军团，库图佐夫仍然未回头给予救援。而缪拉，没有和达武一起乘胜追击库图佐夫，而是擅自决定攻打抢占胜利嘉奖的珍宝——维也纳。拿破伦在林茨得知了缪拉的严重错误——事实上该错误导致库图佐夫得以沿多瑙河撤至俄军主力所在的摩拉维亚，怒不可遏的拿破伦不敢相信此事，立即给这位妹夫发了一封措辞严厉的信，大骂缪拉鲁莽得像个疯子，由于他的擅自行动使法军在追击库图佐夫的过程中丧失了两天宝贵的时间。缪拉不理解法军的战略目标是摧毁敌军的有生力量，而不是攻占城池。由于他没有执行拿破伦的与达武“密切配合”的命令，使得本来可以大获全胜的战役变得疑云重重——如果联军杀回马枪，也许还会使法军一败涂地。然而，说到底，拿破仑本来就对缪拉不满，深层的原因无疑是缪拉曾经和约瑟芬睡过觉；加上他在这次战役中屡屡违背拿破仑的意图、放跑库图佐夫，贻误了战机，拿破仑对他自然更加不满。
为了抢占头功，缪拉和拉纳军越过横跨在宽阔多瑙河上的维也纳大桥攻进了维也纳城。在这场战役以及以后的战役中，法军暴露的一个影响战斗力的弱点是：法兰西皇帝的高级指挥官之间的嫉恨和敌意。这自然使拿破伦战略战术的成功实施受到阻碍。
几天之后，法军向沙皇亚历山大的军队逼近，赖伊全力追击库图佐夫；巴格拉吉昂亲王顽强据守奥博霍拉布鲁恩，掩护库图佐夫撤退。俄国将军维茨格罗德向缪拉提出了休战的要求，缪拉竟愚蠢地同意了；这样不仅使库图佐夫得以顺利逃脱，而且和沙皇亚历山大的兵力会合，这正是拿破仑竭尽全力想要避免发生的事。“我完全无话可说了！”11月10日，拿破伦对缪拉嚷道，“立即撕毁休战协议，去进攻敌人！前进！摧毁俄军！”但此时已经太晚了。缪拉违背了拿破仑的战略目标和命令，使俄军在奥洛穆茨附近占领了有利于防卫的阵地。
到了这个时候，拿破伦仍然没能够和俄军正面交锋，法军已经非常疲惫。拿破伦不知道缪拉到底是怎么了？以前，他总是能够按照拿破仑的命令行事的，并常常能使战役发生转机。现在，他似乎成了障碍物，成了法军的拖累。不过，这是他被册封元帅并且在为王位的继承权发生争论之后首次出征，在这次战役中他明显地表现出他作为一个军团司令的不可靠性。
(小鱼今天有些不在状态，再加上为了满足部分朋友早日结束有关战争的描写，所以这章写的比较模糊，请大家见谅！）