动荡的大清洗还在进行，大量的新派人物得到了火箭般的上升，但是这正是网虫想要的，新政必须用新人。
军队的政变进行得比较顺利，现在网虫对于军队的指挥，就如同使用自己的两条胳膊一样，收放自如，指哪儿打哪儿。
这样网虫想起了大名鼎鼎的拿破仑，他的成功，最大的基础就是建立在拥有一支能征惯战而且绝对忠心的军队。
网虫接下来的一个决定让所有人都跌破了眼镜－－－－他任命祖大寿为九门提督，负责京师的治安和防卫，祖大寿自己也不敢相信，网虫却笑着对他说：“你是你，吴襄是吴襄，镇不相信一个家族会出两个反贼！”
祖大寿突然拔刀，砍下自己一根手指：“末将断指立誓。为陛下赴汤蹈火，死而后已！”
众大臣都对网虫的驭人之术表示钦佩，这是真正的大胆.心细.心狠.手毒，确实是凡人难以企及的！
新内阁显示出了更高的效率，各方面的工作迅速开展，大明这艘巨舰，已经驶出了最危险的暗礁群，现在，正驶向光明的彼岸！
下一步，就是整理已经因为两个妃子的死而死气沉沉的后宫，网虫可不想生活在一堆女人的恐惧的眼神的包围之下。
网虫当天即召集后宫妃嫔开会，宣布了几项决定：
第一，在西苑修建六座西洋风格的宫殿，用作英国公主丽莎.荷兰公主爱莲娜.托顿之女玛莉以及将来可能的西洋妃子的住所（看来他还没有满足，还要进一步“征服欧洲”），进封丽莎为皇贵妃（他特意给丽莎翻译成“副皇后”，小小的满足了一下她的虚荣心），管理西苑六宫；
第二，进封高娃为皇贵妃，负责管辖东哥.娜仁花等满蒙籍妃子，居住在东六宫之内，让这些来自于草原的妃嫔居住在一起，她们有很多的共同语言，也可以相约到皇家猎场骑马游玩；
第三，进封李莲儿为皇贵妃，负责管辖高甜儿等汉族年轻妃子，居住在西六宫之内，她们自然也有她们的共同语言，年轻女人居住在一块儿，也有利于网虫“一锅端”，省得互相嫉妒；
第四，皇后正位中宫，进封李德妃为皇贵妃（专门负责照顾李太后，网虫此时看到整体政治形势已经明朗，降低了对李太后的软禁程度，但也紧紧实现于允许她会见自己的家人，同时网虫有意将李太后的几个侄子远调外地，使其不能相互呼应。说实话，这样的招数实在太过阴损，但是，政治斗争有不阴损的吗？！网虫这也是为了他们好，自古以来飞扬跋扈的外戚家族，最后有好下场的吗？！），后宫账目由沈纤纤统一管理，三人共同居住于中宫（当然还有一些年纪大的妃嫔），负责处理后宫日常事务。
以沈纤纤的容貌和才华，以及网虫对她的宠爱，封个妃子应该毫无问题，但是她毕竟是逆臣之女，如何能够大肆宣扬？只能让她“有
实无名”，做自己的女管家了。好在沈纤纤现在仿佛重生一般，生死都不在乎，又怎么会在乎这个？
这个决定，理顺了后宫各派女人的关系和等级，尤其是赋予西洋来的几个少女很大的自由权（网虫甚至允许她们结伴出行，到各地旅游，看看中国的大好河山），免得她们与皇后住在一起，从而避免由于东西方观念的差异几乎必然带来的矛盾和冲突。
网虫理顺了后宫之后，在国务会议上正式下令：
重修太和殿.乾清宫.交泰殿等皇宫建筑，并在京师建立忠烈祠，供奉为国捐躯的所有人员的灵位；
颁布大赦令，赦免在连续的内战和宫廷斗争当中受到株连的人员，但是没收财产的决定不变，而被赦免人员必须前往辽东和漠北地区开发创业；
新建十个造船厂，由各地商人承包，建造西班牙级别巨舰八十艘，英国海上霸王级巨舰二十艘，并配齐相关武器；
设立大明皇家科学院，以优厚待遇召集全世界范围内的科学
家前来为中国服务；
设立五所新式综合大学，培养各类人才；
正式改革科举制度，今后考试分为六大类：
经举，即传统的儒家思想（以目前的形势，守旧派仍然拥有极其巨大的力量，网虫还不敢一下就废除旧式科举考试，否则天下的读书人还不得炸锅了－－－－清朝的雍正皇帝就是因为得罪了天下读书人，而弄得声名狼藉）；
武举，从军队.军校和地方以及宗室子弟当中，选拔优秀人才，担任中级和下级军官；
财举，选拔专门的财政经济管理人才，今后户部.海关等部门和地方管理财政的官员一律应该通过专项财举产生；
工举，选拔能工巧匠尤其是具有卓越科学思想和才能的人员，此项考试由皇家科学院负责，今后建设部.兵器署等部门人员，必须由专业人士担任；
洋举，选拔航海人员和海军人员，由海军部专门负责举行考试；
医举，选拔优秀医疗人员，不限中医.西医，由卫生部负责考试。
当然，为了给足老先生们面子，网虫特意强调，其他五举考试必须包含经文考试项目，但是难度要比经举简单得多。
同时，今后一律禁止三十五岁以上考生参加经举考试（从此可以避免范进中举这样的悲剧或者闹剧在中国上演，从此以后再也没有所谓“古稀考生，百岁临场”这样的笑话发生），其他四科是专业考试，放宽至四十岁，只有医科考试无年龄限制（救人无老幼，越老越值钱）。
七.设立廉政公署，授予其较大的检查权力，专门用于承办贪污腐化渎职案件，直属于皇帝，不归内阁管辖（连内阁本身也受它的监督）；
八.正是裁撤锦衣卫和东厂（这两个机构在政变当中元气大伤，在政变结束后网虫又对这两个机构进行了血腥的清洗），分别成立中央保卫局和中央情报局，直属于皇帝，而且互相监督；
九.正式设置台湾省和海南省，各移民三十万进行开发，给与各项优惠政策，十年内不收税，开垦的土地归农民所有；
十.在辽东.山东.江浙.两广.台湾.海南等地增设通商口岸和海关。全面放开对外贸易，鼓励商人办厂开矿，吸引外资开设工厂矿山。
就这样，万历新政的第三阶段正式开始，在平定了内忧外患之后，网虫终于可以放出手来，大搞经济建设，实现自己富国强民的抱负了。
现在遇到的阻力比当初小得多，原因当然很多，但是主要有几条：
一是全天下都知道皇帝的雷霆手段，七年时间，连挫赵王.潞王.西班牙人.蒙古诸部.努尔哈赤.蜀王.日本德川幕府和自己的两个儿子：太子和福王，如此厉害的人物，现在谁活腻歪了敢公开叫阵？！
第二，就是全天下的老百姓确实从万历新政上尝到了甜头，比如开发辽东等地，就使大量无地少地的农民得到大量的土地，各种新使农作物的广泛推广，更让千千万万的人民不再受饥饿之苦；至于广大的商人，更是获利巨大，他们成了网虫最大的支持者；当然，网虫的支持者中还有那些得到迅速提升的各级官员们，他们会为新政随时献
出自己的生命－－－－这一点，赵南星等人已经做了证明；
第三，现在网虫也采取了一些措施来尽力减小社会矛盾；
第四，网虫的政治联姻做得非常出色，一个“亲”字成功地化解了很多矛盾（“站在城楼四处望，四方都有丈母娘”这是网虫的真实的心情！）。
可是，网虫却连一点点成就感和满足感都不敢有，因为在网虫心目当中，现在仍然有三大劲敌，让他一点都不敢松懈，甚至常常夜不能寐：
一是屡次侵犯朝鲜和中国的日本鬼子，这些帐不能就这样算了，你能打过来，我当然也要打过去！网虫下一步肯定是要打着日本南派天皇的旗帜登陆日本，然后再改造日本民族，使之成为大中华帝国的一部分；
第二个，仍然是纷乱的蒙古，现在察哈尔部的传奇领袖林丹汗正在慢慢长大，他朝思暮想恢复蒙古旧日的辉煌，招兵买马，扩大势力，网虫预料到大明与蒙古诸部迟早还有一战；
第三个就是刚刚让网虫蒙受耻辱的西班牙人，暂且忍耐时日，等到大明海军达到一定水平后，肯定要和他们算总帐，而网虫朝思暮想的占领菲律宾以及控制马六甲海峡的目标，也将随着这一战争的胜利而实现。
第二部至此告一段落，正是：
重整华夏不顾身，辽左大地扬风尘；
大好江山谁做主，四方枭雄俱浮沉！
扬眉拔剑醇酒烈，狂歌一曲送离人；
莫问天下谁得意，看我大旗卷名镇！
（第二部完，请看第三部《朝日鲜明》）。
（作者附言：关于本书今后情节的基本思路
本书将基本按照这样一个思路进行：征服朝鲜.琉球，加强内政建设，进一步铲除反对派守旧派，网虫父子对日本公主的争夺，征服日本……更多的情节，请拭目以待！
再次向各位大大叩首致敬！
学生王武帝敬书）