东林党人往往不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，反对矿使”、税监”，甚至敢于冒犯龙颜”把矛头指向神宗皇帝。当凤阳巡抚李三才受到内阁大臣论处的时候，在东林书院讲学的顾宪成就上书给叶向高、孙丕扬，称颂李三才的政绩。御史吴亮把顾宪成的信抄在邸报中，使攻击李三才的人大为恼火。我想这个李三才可能是顾宪成的老乡，如果不是老乡何以顾宪成为之不惜得罪皇帝来为他鸣冤呢？
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经查抄了太监陈增的爪牙程守训的几十万赃款及大量的奇珍异宝，并将程守训依法治罪，办了一件大快人心的好事。他还在万历二十七年和二十八年，多次上疏，陈述矿税的弊害。万历三十年和三十一年，他又一再上疏反对矿税，并且提议修浚河渠、建筑水闸、防范水旱，这些主张非但没有被采纳，反而被罚了5个月的俸禄。李三才在反对矿使税监的奏章中指责神宗皇帝说：陛下宝爱珠玉，百姓也想温饱;陛下爱护子孙，百姓亦爱恋妻儿。何以陛下要拼命地聚敛财宝却不让百姓满足升斗之需呢？为什么陛下要延福万年，却不让百姓享受朝夕之欢呢？”李三才的这段话是一段名言，在明史上名气很大，说出了广大明朝人的心声。确实如此，神宗同志为何如此呢？江山社稷都是你的，你还拼命的收集财宝，与老百姓争利干什么？真是难以理解。
对于后妃干政和宦官专权，东林党人始终加以反对，哪怕是削职罢官，逮捕问罪也坚持不改。在争国本”事件和以后发生的梃击”、红丸”、移宫”三案中，东林党人都从维护皇权的立场出发，坚持反对郑贵妃、李选侍干政，公开抨击危害皇太子、皇帝的行为，主张严厉追查三案的当事人及其幕后主使者。李三才和东林党人都是包公海瑞的转世，他们的所作所为实在令人敬仰，是古代正直之臣的楷模。
东林党人还在京察大计”中力图整肃吏治。京察”和外察”是对官吏进行考核的两种制度。京察”是考察在京任职的官员，每6年一次;外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是京察”中被罢了官，就将终身不再起用。万历二十一年的京察，主持者是吏部尚书孙考功、郎中**星和左都御史李世达，他们都比较正直不徇私情。文选员外郎吕胤昌是孙南星的外甥，都给事中王三余是**星的亲戚，都因考评不佳被罢黜。东林党也借此机会罢黜了一些与内阁大臣交往很深的官员。到了万历三十三年，主持京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，就把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们借机斥逐东林党的官员。到了万历四十五年，浙党首领又当上了内阁首辅，这一年的京察大计”，东林党人受到很大的打击。这样一来，就形成了一种朋党混争的局面，东林党人的政治主张
也和他们排除异己的动机纠缠不情了，给攻击他们的人制造了口实。
考察干部本来是老祖宗发明的一个考核干部政绩的好办法，通过这个方法，发现好干部，使用干部，使好干部得到提升，同时也会促使一些政绩平凡的干部找到不足改进工作。没想到竟成了一些人进行党争的有力武器。明朝中晚期，徐阶、高拱、张居正都对此法运用的很好，到了明朝后期这种做法更是到了登峰造极的地步。
东林党是明朝后期出现的以中下级官员、中下地主及知识分子为主的反对王公贵戚、权臣宦官的政治集团。他们企图以儒家正统思想挽救国家，但在强大的统治集团剿杀下，遭到重大打击，直到崇祯即位处死魏忠贤才有所抬头。后来，东林党的残余势力一直与权臣斗争，一直持续到南明的灭亡，前后达40多年。
苦难一生的王恭妃死了，死在后宫的冷宫里，神宗皇帝一直到临死也没到冷宫里看她一眼，足见皇帝对她的冷漠和无情。这个神宗太不够意思，太不负责任，你已经和人家睡过觉，人家还生了你的儿子，就是你的老婆，俗语说：一日夫妻百日恩，没有功劳还有苦劳，你怎么连一点的夫妻情意也没有，难道是个冷血动物吗？大学士叶向高闻知此事，愤愤不平，提笔上疏说：“皇太子母妃病故，丧礼应从厚。”神宗未表态，也不知道神宗是怎么想的，大概是在骂叶向高多事吧？神宗爱说这些都是他们家的私事，别人不能过问，不要多管闲事。隔了一段时间，皇上仍没有反应，众臣坐不住了又纷纷上疏，言词激烈，声势浩大，神宗无奈，这才赐谥肃靖皇贵妃。事见《明史?后妃列传?孝靖王太后》：“遂薨。大学士叶向高言：‘皇太子母妃薨，礼宜从厚。’不报。复请，乃得允。谥温肃端靖纯懿皇贵妃，葬天寿山。”对这件事对朱常洛刺激很大，一直耿耿于怀。他即位后，立即尊谥母亲为“孝靖皇太后”，并归葬定陵。
这个神宗是个奇人，一般情况下作为父母对子女的教育都非常重视，教育从娃娃抓起，从小就开始学习什么英语、奥数、音乐、美术、舞蹈，不让孩子输在起跑线上，神宗是皇帝他的思想就是不同凡响，自己亲生儿子想上学都不行，一直到大臣们都强烈要求才让孩子出阁讲学，朱常落真是一个苦孩子，连学习的权利都没有了。好不容易有了这机会，朱常洛绝不能轻易的放过，他表现了浓厚的兴趣和求知**，认真学习。朱常落没有想到读书刚开始不到一年，因为朱常落同学的学习成绩比朱常洵好，神宗同志说这怎么能行呢？如果让他占上风头常洵相当太子就没有希望了，于是，便莫名其妙地给停了。后来，在大臣的一再努力下，神宗皇帝被迫册朱常落为太子，朱常落知道将来当皇帝不能缺少文化知识，必须抓紧时间学习，充实自己，他曾明里暗里几次表示愿意接续下来，神宗却一概不予理睬，既不安排老师授课，也不说不行，反正就是拖着不办，让朱常落和大臣们一点办法也没有。万历四十四年，由于廷臣们连疏数百封，神宗才下令，在辍讲已经11年后才重新举行（人生有几个11年啊，如果朱常落能接着学下来11年以后高中都要毕业了，虽然不能有所造诣，起码应付日常工作还是富富有余了，皇帝让朱常落耽误了宝贵的青春岁月）。这次朱常洛格外恭敬用心，对侍班、讲读官员一律尊称先生，赏赐酒馔。听讲回答，敏捷精妙，博得内宫外廷一片赞誉。然而让大家没有想到的是，一讲之后，又是莫名其妙地令停，此后再未举行过。事见《明神宗实录》。在经历了这许多事后，朱常洛知道自己的地位还很不稳固，还需要付出极大的努力。而更大的危险，则在于以郑贵妃为首的反对势力，把他当成眼中钉，肉中刺，一天都没有放弃使她的儿子福王取代他而为太子的努力。甚至连郑贵妃的父亲郑承宪、伯父郑承恩、哥哥郑国泰也都行动起来，组织人力造谣鼓吹，一心想把朱常洛废掉。这些活动愈演愈烈，于是就发生了明末“三案”中的头一案“梃击”案，从而使朱常洛的命运又一次出现了重大转折。
万历四十三年5）五月初四傍晚，朱常洛用过晚膳，闲着无聊，想出门看看。这时，门外忽然传来了一声惨叫和一阵喊打撕扭声，宫内立刻乱作一团。又过了好一阵子，他才知道了事情的经过。原来，刚才有一个壮汉，手持枣木棍棒，悄悄闯进了他居住的慈庆宫。慈庆宫的侍卫很少，宫门只有内侍李鉴一人把守。那壮汉潜进来之后，先手起一棍，将李鉴击倒，迅即向前殿扑去。李鉴一看此人有对太子行凶的企图，于是没命地喊了起来。内侍韩本用闻声立刻带众役赶来，七手八脚将其擒获，并押送到驻守东华门的守卫指挥朱雄那儿，由他们暂为看管。朱常洛听说那汉子是想来谋害他的，禁不住一阵悚然。
案子很快查清，是一桩谋害案。由于案子牵扯到了郑贵妃的两个内侍庞保、刘成，所以举朝上下议论纷纷，都指责郑贵妃一家是此案的主谋，要求查办。事见《明史?光宗本纪》：“四十三年夏五月己酉，蓟州男子张差持梃入慈庆宫，事复连贵妃内珰。”这意外的结果，又令朱常洛大吃一惊。他知道郑贵妃为“立储”的事对自己十分嫉恨，却没料到这嫉恨竟到了要置他于死地的程度。
朱常洛对在以自己为漩涡中心的这桩案子里所应取的态度和做法，想了很多，却惟独没有想到郑贵妃会来求他。那时情势，对郑贵妃十分不利，不仅群臣们纷纷弹劾，而且庞保、刘成也都随时可能彻底地出卖她。她接二连三跑去向神宗哭诉，但此案事出有因，干系太大，神宗也没办法，只好让她去求太子。郑贵妃无奈，只好来到慈庆宫。一见朱常洛，就跪倒便拜，慌得朱常洛手足无措，自己也忙跪了下来。郑贵妃拜罢，便哭诉冤枉，求太子救她。朱常洛生**怯弱，见平日不可一世的郑贵妃这副样子，十分惊恐，极想此案能早点了结。于是，便命伴其读书的内侍王安代他起草令旨，要诸臣别再纠缠不休;同时启奏父皇，请令法司尽速结案，不要再株连。事见《明史?后妃列传?郑贵妃》：“其后‘梃击’事起，主事王之寀疏言张差狱情，词连贵妃宫内侍庞保、刘成等，朝议汹汹。贵妃闻之，对帝泣，帝曰：‘外廷语不易解，若须自求太子。’贵妃向太子号诉。贵妃拜，太子亦拜。帝又于慈宁宫太后几筵前召见朝臣，令太子降谕禁株连，于是张差狱乃定。”
朱常洛的这种做法令神宗顾虑全消，于是在辍朝25年之后亲自出面了断此案。五月二十九日神宗下令，凶手处死;十多天后，庞保、刘成也被秘密杖死;其余有关人犯被发配边地。神宗和郑贵妃了却了一桩心事，朱常洛也长长的松了一口气。
梃击案后，朱常洛作为太子的地位算是彻底稳固了。由于他关键时候帮了大忙，神宗开始对他另眼相待，一应生活用度也著令大为增加。而郑贵妃眼看废立不成，朱常洛继承帝位大局已定，心中十分恐惧。她深知自己对朱常洛多有得罪，为了将来不遭报复，便一反常态，对其加倍逢迎。她借口感激朱常洛的解救，不仅好话说尽，而且经常赠以钱财、珠宝，还从自己的宫女中挑选了八名最美的宫女送给他。这时的朱常洛，境况已大为改观，再也不受压抑、冷遇，所到之处，满目喜风，不觉踌躇满志起来。他将已往的屈辱全抛在脑后，恣意放纵，耽于享乐，酒色财气无所不沾。