这两个事件，让刚上任不久的张巨正又面临着一场政治危机，几乎使他名誉扫地。
王大臣一案给冯保以出气的借口，决心借机要把他的余党彻底铲除，以发泄对他的刻骨仇恨。开始的时候，张巨正作为盟友心领神会，采取明里纵容，暗里支持的暧昧态度，让冯保帮助自己在朝廷里打扫一下卫生，铲除异己，求之不得。然而，冯保一味地穷追猛打，牵连无辜，使事态不断的扩大化。一时间，朝野内外，人心惶惶，人人自危，本来人们就怀疑冯保打倒高拱一事他参与此中，扮演了不太好的角色。此事一出，朝廷上下，舆论纷纷，明说暗示，使得他不得不作出姿态，反复辩解，十分被动。张巨正现在也领悟到，再报复对他没有任何的好处，只会使众大臣更加不安。人心一寒，以后的改革就没有人响应，他的考成法将会成为一纸空文，再好的法律没有人执行也是空谈。他感到了事情的严重性，下决心不让冯保胡来，再破坏自己改革方案的贯彻执行，必须阻止冯保的报复行动，重新在大臣中建立起威信。
张巨正感觉走进了死胡同，冯保给他摆下一个迷魂阵，让他在死胡同里转不出来。冯保在一边笑着向他招手，拍手称快，想到这里出了一身冷汗。他感觉到冯保的欲望在迅速膨胀，对权力的欲望也在与日俱增，必须控制住不能任其发展，否着将来对国家，对朝廷，尤其对他本人将会后患无穷。张巨正辗转反侧，不能入眠，下定决心，盼望着新的一天早点到来，采取相应的对策，改变现在的尴尬局面。
早晨，他早早吃完早餐就坐着轿子，在王宝祥的护卫之下往皇宫里去。
皇宫里，一片惊慌，王大臣事件还在延续，恐怖还在不断的扩大。特务们还在四处活动，太监，宫女，大臣，人人自危，惶惶不可终日。特别是太监陈一星一死，皇宫里更加阴沉恐怖，人们害怕受到牵连，遭受无妄之灾。
守城的官兵见是丞相到了，赶快让开道路放他们进去，一行人很快就到了乾清宫。
见过君臣之礼，李太后让宫女搬过一个凳子让他坐下。
“先生，可能没有睡好吧？看你眼圈发暗，脸上无光，可要注意身体呀！”
“谢太后关心！这几日因为王大臣一事，搅的微臣睡不好觉，都是臣下没有做好工作，才使亡命之徒混进来。是臣等的一大失误，罪该万死！”
“先生不必为此事自责，事情已经过去，你专心去做国家大事即可，不必为些许小事挂心！”李太后说道。
“微臣在想这个刺客来历不明，应当处置的当，否则将会有血光之灾，朝廷内外将会血流成河！”
万历跳起来说：“有如此严重吗？”
李太后的美目也睁大了许多，等待他的下文。
张巨正详细地向李太后分析了事态和自己的推理，说：“此案如果牵连起来，将是官官相依，人人相连，无穷无尽，没有尽头。微臣害怕将来有一天会朝中无臣，边关无将，外族入侵将如入无人之地，大明朝将会面临灭顶之灾。”
“如此，先生将如何处理这件事情？”李太后问道。
“微臣思量再三，这件事情把王大臣杀了即可，事态不要再扩大。冯公公憎恨高拱，恐怕要扫清余党方能甘心，不肯就此罢休，让微臣很担心。”张巨正如实禀报说。
“先生不必忧虑！一切要以江山社稷为重，不能因为个人的恩怨而使国家遭殃。冯保也是顾命，对皇家也是忠贞不二的，他是会理解先生的。先生可以按您的意思处理这件事情，别的不必担心！”李太后坚定地说。
有了太后的支持，张巨正的心里就安定许多。
“太后的大局之心，让微臣十分佩服，大明朝有这样一个圣明仁厚的太后，实为国家之幸，人民之福啊！”张巨正此时也不忘恭维上几句，讨太后的欢心。
李太后对万历说：“这件事拖不得，一会儿上朝，皇儿可以将王大臣交三司会审，既要查清此事，又绝不能滥杀无辜，牵连众人。我会在适当的时候提醒冯保，以他的忠心和聪明，应该会知道该如何做的。”
张巨正高兴的说：“请太后和万岁放心，臣会处理好这件事，决不能让他再牵连无辜，把事态扩大化。微臣制定的考成法就要实施了，不能因为这件事情让考成法流产，我会把握好分寸的。”
他们做好了如下安排，一方面让李太后、皇帝下令王大臣事件实行三司共审，增加透明度，防止泄私愤，牵连无辜。另一方面利用梦蝶劝说冯保，使他能同意不扩大清洗面。其三，由李太后旁敲侧击一下，让冯保有所收敛，尽快地结束这场风波。